En 1969 Pierre Emmanuel est élu président du Comité directeur de l’organisation internationale des P.E.N. Clubs, jusqu'en 1971 ; il devient ensuite président du P.E.N. Club français en 1973.
Le P.E.N. Club est une association d’écrivains internationale, apolitique et non gouvernementale, qui a pour but de « rassembler des écrivains de tous pays attachés aux valeurs de paix, de tolérance et de liberté sans lesquelles la création devient impossible ». Sa charte affirme : « En toutes circonstances, et particulièrement en temps de guerre, le respect des œuvres d’art, patrimoine commun de l’humanité, doit être maintenu au-dessus des passions nationales et politiques. »
Ces idées sont chères à Pierre Emmanuel, qui affirme en 1973 à Maurice Schuman : « Vous avez choisi de vous situer sur le terrain de la politique ; je choisis de me situer sur un autre terrain qui est celui de la valeur absolue de la liberté de pensée et de la solidarité que tous les hommes de pensée se doivent entre eux » (Émission radiophonique).