Fin décembre 1938 Pierre Emmanuel épouse Jeanne Crépy, professeur d’anglais.
Jeanne devient véritablement la « complice » de Pierre Emmanuel dans ces années difficiles. Elle lit et aime sa poésie, peut relire les épreuves à sa place lorsqu’il est absent car elle connaît ses poèmes par cœur…
1939. À la déclaration de guerre, Pierre Emmanuel n’est pas mobilisable à cause de sa santé. Il reste à Pontoise où il enseigne à l’école Saint-Martin.
Il écrit sur l’exode (d'abord celui des Belges et des régions du Nord), sur la guerre, et ses poèmes sont publiés régulièrement.
En 1940 on lui propose d’éditer un choix de textes aux Poètes catholiques, en Belgique. Le titre en est Élégies. L'ouvrage paraît le 7 mai, mais les bombardements de Bruxelles le 10 en enfouissent durablement les premiers exemplaires.
En juin 1940 la maison où vit Pierre Emmanuel est bombardée. À son tour il est sur les routes.
Grâce à Pierre-Jean Jouve, Pierre Emmanuel et sa femme parviennent dans le midi de la France, puis à Dieulefit en juillet.
Ils y demeurent toute la guerre.