La poésie se fait plus rare dans ces années 50-60. La solitude intellectuelle, certains événements lui pèsent. Pierre Emmanuel sombre dans une dépression au fond de laquelle il a le sentiment d’être sauvé par Dieu. Les années 50 voient paraître Visage nuage et Versant de l’âge, les livres de l’incertitude de l’être. En 1961 et 1963 sont publiés Évangéliaire puis La nouvelle naissance ; Pierre Emmanuel y acquiert définitivement l’étiquette de « poète chrétien » qu’il refusait déjà depuis longtemps : « Dans ma grammaire, qui est une hiérarchie, le mot chrétien n’est pas un adjectif, mais un nom. Plus substantif et plus singulier que poète, il ne peut donc qualifier celui-ci. » (Évangéliaire).
Trois œuvres en prose essentielles – Le goût de l’Un, La Face humaine, Le monde est intérieur– rendent alors compte de la réflexion de Pierre Emmanuel sur son œuvre et lui permettent de déblayer les pierres qui l’empêchent d’avancer.
Dans les mêmes années Pierre Emmanuel est Visiting Professor dans plusieurs universités des États-Unis. En 1958 il quitte son travail à la radio : l’ennui y prévalait sur les possibilités de réalisation. Il consacre désormais son temps au Congrès pour la Liberté de la culture, où il travaille, à des postes divers, jusqu’en 1974.
