En mai 1940 Pierre Emmanuel fait paraître « Camps de concentration » dans la revue Fontaine dirigée par Max-Pol Fouchet. En juin paraît « Prière pour nos ennemis » dans Esprit.
Après la débâcle et l’exode, dès le mois de juillet il envoie de nouveaux poèmes à Fouchet. « À une église dévastée » paraît dans le numéro d’été de la revue Fontaine.Dans le numéro suivant paraît « Je crois », acte de foi dans l’avenir de l’homme.
En octobre Pierre Emmanuel entre en relation avec Pierre Seghers, alors réfugié à Villeneuve-lès-Avignon. Pierre Emmanuel admirait la revue Les Poètes casqués (P.C.), que Seghers avait fondée dès 1939. Mais « n’étant pas casqué » lui-même, il ne pouvait y participer. Après la défaite, la revue devient Poésie 40. Avant même la parution du premier numéro, Pierre Emmanuel écrit son soutien à Seghers et lui envoie des poèmes. C’est le début d’une longue amitié et d’une collaboration fructueuse.
En novembre 1940 Pierre Emmanuel envoie à Seghers le poème « Juifs ». Mais en décembre il lui demande de ne pas le publier : « L’Hymne de la liberté » qu’il avait envoyé à Emmanuel Mounier pour la revue Esprit « a été non seulement refusé par la censure, mais recopié avec soin. Il serait téméraire d’exposer Poésie 40 à une suspicion qui, peu à peu, et même très vite, pourrait la conduire à disparaître ».
La censure intervient à plusieurs reprises ; elle supprime des titres (celui de « Camps de concentration » par exemple), les modifie : « Juifs » devient « Sion », « Prière pour nos ennemis » est réduit à « Prière », une dédicace à Emmanuel Mounier supprimée. L’Algérie et la Suisse, où la pression est moindre, permettent néanmoins de contourner bien des obstacles.
Tout au long de la guerre Pierre Emmanuel collabore ainsi à différentes revues de résistance, en particulier Fontaine, Poésie 40, 41 etc., Les Cahiers du Sud (Jean Ballard), Messages (Jean Lescure). Il est salué dans Confluences (René Tavernier), Combat (André Bollier)…
